Теоретическую основу гигиены сельскохозяйственных животных составляют учения; И. П. Павлова о целостности организма и его неразрывной связи с внешней средой; К. И. Скрябина о девастации, т. е. уничтожении болезни как вида в природе; Е. Н. Павловского о природной очаговости ряда болезней и оздоровлении природы от этих очагов.
Основные положения зоогигиены входят в обязательные для всех хозяйств зоогигиенические и ветеринарные правила по уходу, кормлению, содержанию и воспроизводству сельскохозяйственных животных и птиц. Они лежат в основе ветеринарных, общепрофилактических и ветеринарно-санитарных мероприятий по борьбе с болезнями животных.
Зоогигиена как профилактическая наука тесно связана с ветеринарными дисциплинами. Вместе с тем она входит в состав зооинженерных предметов, т. к. решает вопросы воспроизводства животных и максимального повышения их продуктивности. Гигиена сельскохозяйственных животных имеет также тесный контакт со многими общетеоретическими (физика, химия, микробиология, физиология, климатология) и узкоспециальными науками (инженерными, экономическими), использует их данные и методы для решения своих задач.