Общая зоогигиена изучает влияние на животных климата, почвы, кормов и воды разного качества, а также других факторов внешней среды. Она устанавливает приемы ухода за животными, выявляет требования, предъявляемые к планированию и возведению животноводческих построек, проводит оценку строительных материалов, обоснование норм площади и кубатуры, освещения, температуры и влажности, вентиляции и канализации.
Частная зоогигиена изучает вопросы содержания, эксплуатации отдельных видов сельскохозяйственных животных, укрепления их здоровья и повышения продуктивности. К ней относятся: гигиена содержания крупного рогатого скота, свиней, птиц, овец, молодняка, беременных животных, гигиена труда работников животноводства, гигиена доения и т. д.
Определенные зоогигиенические и ветеринарно-санитарные мероприятия имеют прямое отношение к охране человека от антропозоонозов, травматических повреждений при контакте с животными, поэтому зачастую говорят о ветеринарном здравоохранении, ветеринарной медицине.