Часть грибов паразитирует на живых растениях. К ним относятся ржавчинные грибы, головневые грибы, спорынья, клавицепспаспали, фузарии и др. На убранных кормах грибы развиваются при температуре 5-15 С и влажности 18-30%. Наиболее часто встречаются грибы родов Аспергиллюс, Пенициллиум, Мукор, Фузариум и др. К ним относятся 60% из почти 300 известных видов грибов, которые могут вызвать различные заболевания животных.
Все грибы, поражающие корма, вызывают снижение их качества, некоторые из них (ржавчинные) вызывают признаки стоматита, гастроэнтерита, крапивницу. Спорынья встречается чаще в дождливое лето на злаках. Она вызывает тяжелое отравление, называемое эрготизмом. Алколоиды спорыньи поражают центральную нервную систему, вызывают сокращение гладкой мускулатуры, поносы, аборты, гангрену ушей и копыт и т. д. Допустимое содержание спорыньи в кормах — не более 0,2%.
Грибы рода фузариум являются наиболее токсичными и устойчивыми. Они легко определяются по характерному розовому или бурому цвету. Вызывают заболевание, характеризующееся расстройством нервной системы и функций пищеварения, кровоизлиянием, судорогами и т. д.
Существуют следующие пути заражения животных патогенными грибами: респираторный и через повреждения слизистой оболочки ротовой полости, кожи желудочно-кишечного тракта, сосков вымени.
Под влиянием грибов изменяется не только физическое состояние корма, в нем происходят и глубокие химические превращения, связанные с распадом питательных веществ и образованием токсинов, таких как гликозиды, афлатоксины, алкалоиды и др. Грибы становятся наиболее токсичными в период плодоношения или в стадии спорообразования. Токсичность корма зачастую обусловлена наличием в нем не одного, а нескольких видов токсинов, что сопровождается более сложной клинической картиной. Все сельскохозяйственные животные могут отравиться кормами, пораженными грибами, но наиболее чувствительны к ним лошади, свиньи, птица.