С санитарной точки зрения важно знать не общее количество микробов в почве, хотя оно и соответствует содержанию органических веществ в ней, а качественный состав их (бактериологическое исследование на почвенные микроорганизмы, в том числе на анаэробы). В отдельных случаях проводят анализы почвы на выявление в ней возбудителей сибирской язвы, эмфизематозного карбункула, столбняка, злокачественного отека, паратифозных бактерий и др.
Качественный санитарно-бактериологический анализ почвы главным образом заключается в определении фекального загрязнения почвы, показателем которого являются Е. coli и ее разновидности и CI. perfringens, как постоянные обитатели кишечника человека и животного. Почвенную суспензию вносят в соответствующие избирательные среды. Определяют титр почвы и титр анаэробов (CI. perfringens). Титр (коли-титр) — наименьшее количество посевного материала, внесение которого в питательную среду вызывает развитие бактерий кишечной группы. Титр кишечной палочки выражают в миллилитрах. Естественно, что величина титра кишечной палочки обратно пропорциональна степени загрязнения почвы: чем меньше количество водной суспензии, в которой обнаружена кишечная палочка, тем более загрязнена почва.
В почве определяют также титр CI. perfringens. Споры этого анаэроба сохраняются в почве длительное время, поэтому обнаружение их в исследуемых образцах свидетельствует о фекальном загрязнении почвы.