Органы обоняния рыб находятся в передней части головы и представлены парными обонятельными (носовыми) мешками (капсулами), открывающимися наружу отверстием — ноздрями. Рыбы обладают тонким обонянием.
Органы вкуса представлены вкусовыми точками. Основания чувствующих клеток оплетены концевыми разветвлениями лицевого, блуждающего и языкоглоточного нервов. Восприятие вкуса у рыб разнообразно (ротовая полость, губы, глотка, усы, жаберные лепестки, плавниковые лучи, вся поверхность тела, хвост). Чувствительность органов вкуса у рыб высокая.

Органы чувств представлены органом бокового чувства или боковой линией. Эти сейсмосенсорные специализированные кожные органы весьма чувствительны.

Органы осязания воспринимают прикосновение (тактильная чувствительность), давление воды, изменение температуры и боль, так как чувствующие клетки (осязательные тельца) разбросаны по всему телу.
Терморецепторы — свободные окончания чувствующих нервов, расположенных в поверхностных слоях кожи. Улавливают перепады температуры в 0,1—0,4 °С.

Органы электрического чувства воспринимают электрические и магнитные поля и расположены в коже на всей поверхности (сходны с органом боковой линии).

Органы зрения устроены так же, как и у других позвоночных. Большая часть рыб различает цвета. Глаза рыб элипсовидной формы, имеют серебристую оболочку (между сосудистой и белковой). Роговица почти плоская, хрусталик шаровидный — это расширяет поле зрения. Зрачок изменяется в небольших пределах. Век у рыб, кроме акулы, сельдевых, кефали, нет.

Органы слуха и равновесия расположены в задней части черепной коробки и представлены лабиринтом, ушными отверстиями, ушными раковинами (улитки нет), внутренним ухом.
Рыбы воспринимают как механические, так и звуковые ко¬лебания (на границе инфразвуковых волн).
Острота слуха у рыб ниже, чем у высших позвоночных. Рыбы улавливают и те звуки, источник которых находится в атмосфере (хотя на 99,9 % такой звук отражается от поверхности воды).
Рыбы и сами издают звуки с помощью плавательного пузыря, плавников, челюстных и глоточных зубов. Характер звуков может быть в виде ударов, цоканья, свиста, ворчанья, хрюканья, писка, кваканья, рычания, треска, рокота, звона, хрипа, гудка, криков птиц, стрекотанья насекомых.

Железы внутренней секреции представлены гипофизом, эпифизом, надпочечниками, поджелудочной, щитовидной, ультимобранхиальной железами. Они выделяют гормоны в кровь. Их деятельность регулируется центральной нервной системой. Рыб, отличающихся ядовитыми свойствами, разделяют на ядоносных (ядоносный аппарат и ядовитые железы) и ядовитых (ткани и органы ядовиты по химическому составу).