Выделительная система представлена примитивной туловищной почкой (мезонефроном). Почки — парные темно-красные образования вдоль полости тела, плотно прилегающие к позвоночнику над плавательным пузырем. В почке разделяют передний отдел (головная почка), средний и задний.
Морфофизиологическим элементом почки является извитой мочевой каналец, один конец которого расширяется в мальпигиево тельце, другой отходит к мочеточнику. Мочеточники изливаются в мочевой пузырь (мочевой синус), а затем моча выводится наружу. У большинства рыб мочеполовое отверстие позади ануса, а у самок и самцов лососевых, сельдей, щук проходит через анальное отверстие, у акул выходит в клоаку.
Количество мочи, выделяемое в сутки, колеблется от 2 до 326 мл/кг массы тела.
Передний отдел почки выполняет не выделительную функцию, а кроветворную.
Половая система
У большинства рыб самостоятельные половые протоки.
Половые органы: у самцов — семенники (гонады), у самок — яичники (ястыки). Процесс созревания половых клеток у разных рыб проходит по одной схеме. У большинства рыб осеменение наружное (кроме хрящевых рыб, так как им свойственны внутреннее осеменение и живорождение).