Органами извлечения кислорода из воды являются жабры (форма разнообразная).
К основанию жаберных лепестков подходит жаберная артерия, которая попадает в корень аорты.
Вследствие уменьшения давления вода всасывается в жаберную полость, а затем выжимается через жабры наружу. В капиллярах жаберных лепесточков из воды поглощается кислород (не связывается с гемоглобином) и выделяются двуокись углерода, аммиак, мочевина. Большую роль жабры играют в водно-солевом обмене.
У зародышей и личинок дыхание осуществляется за счет кожи.
Рыбы приспособлены осуществлять дыхание через кожу, а также использовать воздух плавательного пузыря. На долю только дыхания у рыб приходится от 3 до 85 %. Рыбы могут использовать и кислород воздуха, который заглатывается ртом и, проходя через кишечник, всасывается (до 50 % кислорода). У некоторых рыб (тропический окунь) имеются специальные добавочные органы, точнее, лабиринт, благодаря которому используется атмосферный воздух. Недостаток или избыток кислорода в воде губителен для рыб.